L’UAFSE, qui possède le rang de sous-direction générale, est rattachée au Secrétariat général pour l’emploi du ministère du Travail et des Affaires sociales à travers la Direction générale de l’économie sociale, du travail autonome et du Fonds social européen.
Son effectif est de 73 personnes qui occupent les fonctions attribuées à l'unité en qualité d'autorité de gestion et d’autorité de certification du FSE, mis à part les tâches nécessaires au bon fonctionnement de l’unité et celles découlant de son appartenance au ministère du Travail et des Affaires sociales, selon la structure suivante :
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UAFSE 2000-2006